湖泊生态环境研究所是以解决湖泊生态环境保护和饮用水源地安全保障中的实际问题为导向，围绕国家湖泊与饮用水水源地环境管理的中心工作，开展流域污染治理与生态环境保护的基础性、应用性及管理支撑研究，研发水质改善与富营养化防治关键技术，提出以解决问题和改善生态环境为目标的湖泊流域生态环境保护综合保护方案，推动科技成果转化应用，助力湖泊环保产业技术进步，为国家湖泊和饮用水水源地的生态环境管理与决策提供技术支撑。
湖泊生态环境研究所支撑着生态环境领域的第一个国家工程实验室“湖泊水污染治理与生态修复技术国家工程实验室”，2个部级重点实验室“生态环境部湖泊污染控制重点实验室”“生态环境部饮用水水源地保护重点实验室”，1个生态质量综合监测站“湖南洞庭湖站（湿地）”；同时也是科技部良好湖泊创新团队的核心单位，中国环境科学学会水环境分会依托单位。
湖泊生态环境研究所现有职工76人，其中，高级职称40人，博士生导师5人，硕士生导师21人，1人获得国家高层次人才，3人获得环境保护专业技术领军人才称号。
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