水生态环境研究所创建于 1979年，是环科院最早成立的二级研究机构之一。作为国家水生态环境保护和水污染防治智库，肩负国家水生态环境质量改善和保护科技攻关任务，致力于水环境科学、水污染防治技术、水环境管理与治理领域技术研发。为国家重大战略区域水环境治理和保护提供整体技术解决方案，支撑全国水生态环境质量实现根本好转。
基本情况:职工116人，平均38岁，博士56%，高级职称 48%。
基础研究:围绕生态文明和美丽中国建设，开展基础性、全局性、战略性水生态环境科学研究，解决区域、流域重大水生态环境问题，支撑国家水环境管理。
战略支撑:支撑长江保护修复、黄河生态保护治理和农业农村污染治理3个标志性战役。
科研平台：2个专委会，生态环境复杂系统治理专委会和水污染治理专业委员会；1个院级平台，“三水统筹治理与管控重点实验室”。
组织构架：1+9业务研究室
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