所领导 高红杰（所长 研究员）、廖海清（副所长 研究员）
水生态环境标准研究室 刘琰（室主任 研究员）
污水资源化与安全利用研究室 刘雪瑜（室主任 副研究员）
水环境低碳治理研究室 肖书虎 （室主任 研究员）
流域面源防控研究室 赵健（室主任 研究员）
水环境风险管理研究室 马迎群 （室主任 副研究员）
水生态系统评估与保护研究室 丁森（室主任 副教授）
水生态修复技术研究室 刘录三（室主任 研究员）
数字流域与环境规划研究室 乔飞（室主任 正高级工程师）
流域环境治理工程技术中心 魏健（室主任 研究员）
三水统筹治理与管控重点实验室 钱锋（室主任 副研究员）
学科骨干
曾萍（研究员）、邓义祥（研究员）、韩璐（研究员）、黄国鲜（研究员）、焦立新（研究员）、孔维静（研究员）、秦延文（研究员）、王红梅（研究员）、于会彬（研究员）、赵颖（研究员）、龚斌（正高级工程师）、李国文（正高级工程师）、杨荣金（正高级工程师）、张雷（正高级工程师）
丁帅（副研究员）、董骞（副研究员）、段平洲（副研究员）、高欣（副研究员）、后希康（副研究员）、李庆旭（副研究员）、林岿璇（副研究员）、吕书丛（副研究员）、乔肖翠（副研究员）、孙明东（副研究员）、杨芳（副研究员）、杨中文（副研究员）、张海亚（副研究员）、张娟娟（副研究员）、张志超（副研究员）、周刚（副研究员）、白静（高级工程师）、郝晨林（高级工程师）、刘丹妮（高级工程师）、刘云龙（高级工程师）、卢延娜（高级工程师）、孟睿（高级工程师）、时瑶（高级工程师）、王洪良（高级工程师）、王亚俊（高级工程师）、王瑜（高级工程师）、魏玉霞（高级工程师）、温泉（高级工程师）、薛浩天（高级工程师）
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